(Actualisé avec nouvelles citations, réaction, combats)

KABOUL, 4 octobre (Reuters) - Les investigations sur le bombardement d'un hôpital de Médecins sans frontières (MSF) à Kunduz, dans le nord de l'Afghanistan, seront menées rapidement, a promis l'Otan, tandis que l'organisation humanitaire exigeait une enquête indépendante, "transparente" et impartiale.

Les raids aériens, qui auraient été menés par l'aviation américaine, ont fait 22 morts, dont 12 membres du personnel de MSF. Les résultats de l'enquête préliminaire menée par une équipe multinationale seront connus "d'ici quelques jours", assure l'Alliance atlantique. Les Etats-Unis craignent en revanche que le délais ne soit plus long.

"Devant la forte présomption qu'un crime de guerre a été commis, MSF réclame qu'une enquête complète et transparente soit menée par un organisme international indépendant", déclare quant à lui le directeur général de l'ONG, Christopher Stokes, dans un communiqué.

"Se reposer sur la seule enquête interne d'une partie au conflit serait très insuffisant", insiste-t-il.

L'armée américaine a dit samedi avoir pris pour cible des taliban qui tiraient sur des soldats américains et afghans, mais l'ONG assure qu'aucun insurgé n'était présents à l'intérieur de l'établissement.

"Aucun membre de notre personnel n'a signalé de combats à l'intérieur de l'hôpital de MSF avant les frappes aériennes américains samedi matin", souligne Christopher Stokes dans son communiqué.

"Ce sont 12 membres du personnel de MSF et 10 patients, dont trois enfants, qui ont été tués dans cette attaque", rappelle-t-il en condamnant une "grave violation de la Loi humanitaire internationale".

"Nous répétons que le bâtiment principal de l'hôpital (...) a été touché de manière répétée et très précise pendant chacun des raids aériens, alors que le reste du complexe a été dans l'ensemble épargné."

L'armée américaine a dit samedi avoir bombardé les "abords immédiats" de l'établissement en assurant avoir pris pour cible des taliban qui résistaient à l'armée afghane qui tente de reprendre le contrôle de Kunduz avec l'appui des forces de l'Otan.

SITUATION CONFUSE

Le secrétaire américain à la Défense a promis la transparence, mais a estimé que l'enquête pourrait prendre du temps.

"Nous savons que des appareils américains (...) ont été engagés aux alentours de Kunduz et nous savons que des installations -- celles dont on parle dans les médias -- ont été détruites. Je ne peux pas vous dire à ce stade quel lien il y a", a déclaré Ashton Carter, s'adressant à la presse à son arrivée en Espagne pour une tournée européenne.

"La situation là-bas est confuse et compliquée. Il pourrait donc falloir du temps pour établir les faits, mais nous les établirons et nous les partagerons pleinement et de façon transparente", a-t-il ajouté.

Parlant d'un "tragique incident", Barack Obama a présenté ses condoléances aux familles des victimes. Le haut commissaire de l'Onu aux droits de l'homme a quant à lui déploré un geste "inexcusable" qui pourrait relever du crime de guerre.

A Kaboul, le ministère afghan de la Défense affirme que des taliban ont attaqué l'hôpital et utilisaient ses occupants comme "boucliers humains", ce que MSF dément formellement.

Les combats se sont poursuivis dimanche à Kunduz. La ville de 300.000 habitants proche de la frontière kirghize a été reprise jeudi au taliban qui s'en étaient emparée lundi, mais la milice islamiste reste présente dans le secteur.

Des corps en décomposition jonches les rues et les habitants commencent à manquer de nourriture. MSF a annoncé le retrait de l'essentiel de son personnel, dans le mesure ou l'hôpital, qui jouait un rôle primordial, n'est plus en état de recevoir des patients. (Kay Johnson; Tangi Salaün et Jean-Philippe Lefief pour le service français)