Lors d'une interview à la radio, Mme Le Pen a accusé l'AfD d'être sans gouvernail et d'être à la merci d'éléments radicaux en son sein.
"Il était urgent d'établir un cordon sanitaire", a déclaré M. Le Pen sur Europe 1. "L'AfD va de provocation en provocation", a-t-elle ajouté.
"Il n'est plus temps de prendre nos distances, il est temps de rompre avec ce mouvement.
Cette scission intervient après que l'AfD, qui était devenu le deuxième parti le plus populaire d'Allemagne avant les élections locales et européennes de cette année, a fait l'objet d'un examen approfondi de ses politiques et de la conduite de certaines de ses figures de proue.
La rupture publique avec le Rassemblement national (RN) de Mme Le Pen pourrait mettre à l'épreuve les efforts déployés par l'extrême droite pour obtenir de bons résultats électoraux et pourrait accroître la pression sur l'AfD au niveau national, après qu'elle a commencé à reculer dans les sondages d'opinion au cours des dernières semaines.
Les commentaires de Mme Le Pen interviennent un jour après que le RN, en tête de la course aux élections européennes en France, a déclaré qu'il ne siégerait plus avec l'AfD au Parlement européen.
Dans une interview publiée le week-end dernier, le principal candidat aux élections de l'AfD, Maximilian Krah, a déclaré au journal italien La Repubblica que "les SS n'étaient pas tous des criminels".
La SS, ou "Schutzstaffel", était la principale force paramilitaire du parti nazi d'Adolf Hitler et, parmi ses nombreux rôles, elle a joué un rôle de premier plan dans l'Holocauste, le massacre de 6 millions de Juifs et d'autres groupes ciblés par les nazis.
L'AfD n'a pas immédiatement répondu à une demande de commentaire, mais le radiodiffuseur allemand ZDF a déclaré mercredi matin que M. Krah avait quitté l'équipe dirigeante de l'AfD.
L'AfD a également été confrontée à des manifestations de rue massives après que des personnalités de premier plan ont assisté à une réunion au cours de laquelle la déportation d'Allemands issus de l'immigration a été discutée, et en raison d'allégations selon lesquelles elle hébergerait des agents de la Russie et de la Chine.
La semaine dernière, un tribunal allemand a décidé que les services de sécurité nationaux pouvaient continuer à surveiller l'AfD en tant que parti potentiellement extrémiste.
L'AfD s'est défendue contre les allégations de racisme. Le parti se présente comme la cible d'un establishment complaisant et intéressé qu'il est prêt à balayer.
Les sondages suggèrent que les partis nationalistes et eurosceptiques remporteront un nombre record de voix en juin. Les électeurs devraient sanctionner les partis traditionnels pour leur incapacité à protéger les ménages d'une inflation élevée, à freiner l'immigration ou à fournir des logements et des soins de santé adéquats.
Les partis d'extrême droite au Parlement européen sont actuellement divisés entre les Conservateurs et Réformistes européens (ECR), dont le leader de facto est le Premier ministre italien Georgia Meloni, et le groupe Identité et Démocratie (ID), dirigé par le RN.
