* L'annonce affecte surtout les secteurs du transport

* Le recul de l'indice ISM de l'industrie a aussi pesé

* L'indice Russel des petites valeurs dans une phase de correction

* Le Dow Jones a perdu 1,4%, le S&P-500 1,32%, le Nasdaq 1,59% (Actualisé avec les marchés européens, la baisse du pétrole)

par Ryan Vlastelica et Caroline Valetkevitch

NEW YORK, 1er octobre (Reuters) - Wall Street a terminé en net recul mercredi, affectée par la détection aux Etats-Unis d'un premier cas de fièvre hémorragique Ebola qui a surtout affecté les secteurs du transport.

Un premier cas d'Ebola a été détecté aux Etats-Unis, a fait savoir mardi le Centre de contrôle et de prévention des maladies. Le malade a développé des symptômes de cette fièvre quelques jours après être rentré au Texas suite à un séjour au Liberia. Il est soigné dans un hôpital de Dallas où il a été placé dans des conditions d'isolement strict.

Cette annonce a incité les investisseurs à alléger leurs positions, notamment dans les secteur du transport, à un moment où les indices référence évoluent à proximité de niveaux record.

Un net recul de l'indice ISM de l'industrie en septembre et la baisse inattendue des dépenses de construction en août ont également pesé sur la cote.

L'indice Dow Jones a cédé 238,19 points à 16.804,71 en clôture. Le S&P-500, plus large, a perdu 26,13 points, soit 1,32%, à 1.946,16. Le Nasdaq Composite a reculé de son côté de 71,31 points (-1,59%) à 4.422,09 points.

L'indice Russel 2000 des petites valeurs a perdu 1,48% à 1.085,41 points et entre en phase de correction, avec un recul de plus de 10% par rapport à son plus haut de l'année.

L'indice de volatilité VIX - appelé indice de la peur - a gagné jusqu'à 7,66% en séance, près de son plus haut depuis avril, mais il a rencontré une résistance au-dessus de 17,50 et a limité ses gains pour terminer en hausse de 2,45% à 16,71.

Les compagnies aériennes, particulièrement exposées en raison de craintes de perturbations de vols liées à la propagation du virus, ont pesé sur la cote. Delta Air Lines a ainsi perdu 3,46% et American Airlines 3,07%.

De même, les transports ferroviaires ont cédé du terrain sur l'annonce, avec un recul de 7,71% de Trinity Industries.

L'indice Dow du Transport a reculé de 2,51%.

LES PHARMACEUTIQUES ONT EU LE VENT EN POUPE

Les compagnies pharmaceutiques proposant des traitements pour Ebola ont en revanche eu le vent en poupe, notamment Tekmira Pharmaceuticals qui a bondi de 18,21%.

Par ailleurs, General Motors, qui compte réaliser en 2016 ses premiers bénéfices en Europe depuis plus de dix ans et entend également atteindre cette année-là ses objectifs de marge en Amérique du Nord, a progressé de 1,72%.

Sur le plan macroéconomique, l'annonce avant l'ouverture de la création de 213.000 emplois dans le secteur privé en septembre, en progression par rapport à août et légèrement supérieur aux attentes, a eu peu d'impact.

La Réserve fédérale débutera lundi la publication d'un nouvel indicateur sur le marché du travail basé sur 19 indices allant du taux de chômage aux enquêtes sur les projets des entreprises en matière d'embauche.

Auparavant, les marchés européens avaient terminé en nette baisse, sous le coup à la fois d'indicateurs attestant d'un nouveau ralentissement de l'activité manufacturière en Europe et de plusieurs avertissements sur résultats.

Les investisseurs avaient accueilli sans enthousiasme les résultats définitifs des enquêtes Markit menées auprès des directeurs d'achat du secteur manufacturier en Europe, surtout marqués par la première contraction en 15 mois de ce secteur en Allemagne.

À Paris, l'indice CAC 40 a cédé 1,15% à 4.365,27 points et l'indice européen EuroStoxx 50 0,87%.

Les cours du pétrole se sont retournés à la baisse en fin de journée, prolongeant leur recul du troisième trimestre.

Le Brent et le brut léger américain avaient bénéficié en début de séance de l'annonce d'une baisse surprise des stocks de brut américains et d'une stabilisation de l'activité manufacturière en Chine au mois de septembre.

Mais les gains ont été effacés et le sentiment baissier sur qui prévaut ces derniers mois s'est réinstallé à la suite de l'annonce par l'Arabie saoudite d'une baisse plus forte que prévu de ses prix de vente officiels aux clients asiatiques en novembre. Il s'agit du signal le plus clair jusqu'ici de la volonté du premier exportateur mondial de tenter de reprendre des parts sur le marché du pétrole brut et de continuer à assurer un bon approvisionnement du marché mondial.

"Les cours se sont effondrés, assez brutalement, après l'annonce sur les prix officiels", dit Amrita Sen, responsable de l'analyse sur le pétrole chez Energy Aspects à Londres. (Juliette Rouillon pour le service français)