"Le président Muhammadu Buhari a reçu la tragique nouvelle de l'assassinat", a déclaré la State House dans un communiqué, sans fournir le nombre de victimes ou d'autres détails sur l'attaque.
Un porte-parole de la présidence nigériane a déclaré à Reuters via un message WhatsApp que le nombre de morts s'élevait à 15 "jusqu'à présent".
Selon un ordre religieux sénégalais, des assaillants non identifiés ont attaqué le convoi de bus mercredi et tué 18 passagers.
Les pèlerins se rendaient à une cérémonie religieuse au Sénégal depuis le Niger et le Nigeria, un voyage qui implique la traversée de points chauds djihadistes dans le nord du Burkina Faso et le centre du Mali.
"Dix-huit passagers ont perdu la vie lors de ces attaques, et la plupart des survivants ont été dévalisés", a déclaré samedi dans un communiqué la mosquée Medina Baye de Koalack, la ville sénégalaise où se dirigeaient les victimes.
Les autorités nigérianes n'ont pas pu être jointes immédiatement pour un commentaire.
La présidence du Nigeria a déclaré dans le communiqué qu'elle était en contact avec les autorités burkinabés et attendait les résultats de leur enquête sur l'incident.
La ministre des Affaires étrangères du Burkina Faso, Olivia Rouamba, a rencontré l'ambassadeur du Nigeria dans le pays lundi pour discuter des allégations.
"Pour l'instant, il n'y a pas d'information concrète ou d'élément relevé sur le terrain qui prouve la véracité de ces faits", a déclaré Mme Rouamba dans une déclaration après la rencontre.
Elle a ajouté que les autorités avaient fortement déconseillé les voyages dans le nord en raison des "risques énormes" d'attaques.
Le Burkina Faso lutte contre une insurrection djihadiste ayant des liens avec Al-Qaïda et l'État islamique, qui a débordé du Mali voisin en 2015.
Les militants se sont répandus dans la zone tri-frontalière entre le Burkina Faso, le Mali et le Niger et ont empiété sur les États côtiers d'Afrique de l'Ouest malgré les efforts internationaux coûteux pour les arrêter.
Des attaques régulières contre des villes et des villages, des postes de l'armée et des soldats de la paix de l'ONU ont causé des milliers de morts, déplacé plus de 2 millions de personnes à travers le Sahel et aggravé l'insécurité alimentaire.
