Le Nikkei a clôturé à 28 246,53, soit une hausse de seulement 0,04 %, après avoir atteint 28 389,75 moins d'une heure avant la cloche, un niveau jamais vu depuis le 18 janvier.
Le Nikkei avait progressé de près de 10 % au cours des quatre semaines précédant mercredi, laissant les investisseurs s'interroger sur son prochain mouvement.
Pendant ce temps, le Topix, plus large, a terminé en baisse de 0,05 % à 1 969,05.
"D'un point de vue technique, le récent rallye du Nikkei semble chauffé à blanc, et une correction à tout moment ne serait pas inhabituelle, mais pour l'instant, les actions décrochent grâce à la forte baisse du yen", a déclaré Maki Sawada, stratège chez Nomura Securities.
Les constructeurs d'automobiles et de motos se sont redressés dans le contexte de la chute rapide du yen, qui a atteint son plus bas niveau depuis deux décennies, augmentant ainsi la valeur des ventes aux États-Unis. La devise est descendue jusqu'à 134,56 par dollar jeudi pour la première fois depuis février 2002, suivant l'écart croissant entre les rendements à long terme américains et japonais.
Yamaha a mené avec un gain de 3,19%, tandis que Mitsubishi Motors a ajouté 2,75% et Subaru a avancé de 2,13%. Toyota a gagné 0,4 %.
L'énergie a été de loin le secteur le plus performant du Nikkei, avec une hausse de 2,27 %, dans un contexte de hausse des prix du pétrole brut. Inpex a progressé de 3,26 %.
L'exploitant de magasins Uniqlo, Fast Retailing, a gagné 1,94 %, car il prévoit d'augmenter ses prix pour compenser la hausse des coûts.
Le groupe SoftBank, investisseur de start-ups, a terminé en hausse de 1,73%, les actions d'Alibaba, l'un de ses principaux investissements, ayant progressé mercredi, ainsi que d'autres entreprises technologiques chinoises.
Sur les 225 valeurs composant le Nikkei, 113 ont augmenté, 101 ont baissé et 11 sont restées stables.
Les fabricants d'équipements pour la fabrication de puces ont été à la traîne, après une chute de 2,39 % pendant la nuit pour l'indice Philadelphia SE Semiconductor. Tokyo Electron a glissé de 2,19 % et Advantest a perdu 2,5 %.
Les expéditeurs ont chuté en raison des perspectives économiques mondiales incertaines, Kawasaki Kisen étant le plus grand perdant en pourcentage du Nikkei, plongeant de 11,13%. Mitsui O.S.K. Lines a chuté de 7,74% et Nippon Yusen de 6,99%.
Le fabricant d'électronique Sharp a chuté de 5,71 % après avoir prévu une baisse d'un tiers de son bénéfice. (Reportage de l'équipe des marchés de Tokyo ; édition par Uttaresh.V et Shailesh Kuber)
