Tran Van Dung, 57 ans, a été licencié pour "avoir commis de graves violations et actes répréhensibles", a déclaré le ministère dans un communiqué, sans donner plus de détails.
Dung n'a pas répondu aux demandes de commentaires.
En mars, le pays d'Asie du Sud-Est a appelé à l'intensification de la lutte contre la corruption, en mettant l'accent sur les marchés financiers.
Une série d'arrestations d'entreprises très médiatisées, accusées de manipulation du marché, a provoqué une perte de 40 milliards de dollars pour les actions vietnamiennes et a ébranlé la confiance des investisseurs dans cette économie à croissance rapide.
En début de semaine, le directeur général de la Bourse de Hochiminh a été exclu du Parti communiste du Vietnam et les autorités ont adressé des avertissements à plusieurs autres responsables du marché boursier pour "violations".
