AVROBIO, Inc. a rapporté des données favorables sur l'utilisation combinée de deux tests de pointe pour évaluer le risque de génotoxicité des vecteurs intégrateurs utilisés dans la thérapie génique des cellules souches hématopoïétiques (CSH) avant leur utilisation clinique, lors du 29e Congrès annuel de la Société européenne de thérapie génique et cellulaire (ESGCT), du 11 au 14 octobre 2022 à Édimbourg, en Écosse. La société utilise ces essais pour informer la sélection des vecteurs pendant le développement préclinique.

En outre, à ce jour, la société n'a constaté aucun cas d'oncogenèse insertionnelle dans aucun de ses programmes cliniques. IVIM/SAGA comme outils de dépistage lors de la sélection de vecteurs lentiviraux : Dans ses recherches, l'entreprise a utilisé les deux tests en combinaison pour déterminer le risque potentiel de génotoxicité de six vecteurs lentiviraux. Cinq des vecteurs utilisaient le promoteur EF1 a short (EFS), tandis que le sixième vecteur utilisait le promoteur enhancer/promoteur modifié du virus du sarcome myéloprolifératif murin, ou MND. Les vecteurs ont été comparés à un témoin fictif non transduit et à un témoin génotoxique positif, le vecteur gamma-rétroviral non-SIN (RSF91).

L'essai d'immortalisation in vitro (IVIM) quantifie le risque de transformation cellulaire induite par le vecteur. Cette technique évalue la génotoxicité en déterminant la probabilité qu'un vecteur s'insère près de proto-oncogènes, tels que MECOM, et les active, entraînant ainsi une prolifération excessive des cellules. Dans cette étude, pour quantifier le risque de transformation cellulaire induite par le vecteur, la prolifération des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques (HSPC) de souris a été suivie après la transduction.

L'IVIM a déterminé que les cinq vecteurs EFS conduisaient la croissance cellulaire d'une manière indiscernable des cellules non transduites. Le vecteur utilisant le promoteur MND, cependant, a présenté une croissance cellulaire qui était statistiquement différente des cellules non transduites et similaire au contrôle génotoxique positif. Le deuxième test, plus récent, évalue la génotoxicité de manière plus directe.

Le nouveau test de substitution pour l'évaluation de la génotoxicité (SAGA) repose sur l'observation que les vecteurs génotoxiques induisent une signature unique de l'expression génétique qui est liée à la souche et à l'oncogenèse dans les HSPC de souris. Des algorithmes d'apprentissage automatique développés à partir des données transcriptionnelles de vecteurs génotoxiques connus sont utilisés pour estimer le potentiel transformationnel des vecteurs candidats. Le test SAGA peut évaluer les vecteurs ayant un potentiel génotoxique connu avec une précision de 90,9 %.

Dans cette étude, les données SAGA ont montré que les cinq vecteurs avec des promoteurs EFS étaient statistiquement distincts du contrôle positif génotoxique et présentaient donc un risque génotoxique plus faible, tandis que quatre des neuf (44 %) échantillons de cellules transduites avec un vecteur lentiviral contenant un promoteur interne MND présentaient des scores d'enrichissement génique associés à une oncogenèse insertionnelle. Ces résultats permettent d'estimer le risque d'oncogenèse insertionnelle cliniquement traduisible des vecteurs intégrateurs pendant le développement préclinique. La société utilise le promoteur EFS dans ses programmes cliniques.