Bionano Genomics, Inc. a annoncé le lancement de plusieurs nouveaux produits et avancées pour son flux de travail de cartographie optique du génome qui proposent une robustesse accrue dans la préparation des échantillons, une réduction du délai d'exécution pour le marquage et l'imagerie de l'ADN, et des améliorations dans les mesures de débit et de qualité. Les nouvelles versions des kits de préparation d'échantillons, des puces et du logiciel d'instrumentation de Bionano répondent aux commentaires des clients et peuvent améliorer les performances dans les applications de routine d'analyse du génome à volume élevé. Les kits de préparation d'échantillons de Bionano sont utilisés pour extraire et marquer l'ADN de poids moléculaire très élevé (UHMW) en vue de son utilisation sur le système Saphyr.

Ces kits sont optimisés pour réaliser les applications d'OGM de Bionano sur divers types d'échantillons. Les kits de génération 2 prendront en charge les échantillons de sang, les lignées cellulaires et les aspirats de moelle osseuse, les versions pour les échantillons de tissus et de tumeurs étant attendues plus tard en 2023. La taille des kits Bionano Prep SP-G2 (SP-G2) et Bionano Prep Direct Label and Stain (DLS-G2) a également augmenté, passant de 10 à 12 réactions, une mise à niveau qui correspond mieux aux consommables pour puces de la société.

Le kit SP-G2 améliore l'isolement de l'ADN UHMW et permet d'obtenir des taux de réussite plus élevés pour les échantillons, de réduire les erreurs de l'utilisateur et de générer plus de données par cycle. L'une des principales améliorations apportées à la préparation des échantillons est la possibilité d'isoler un ADN de meilleure qualité, notamment pour les échantillons marginaux. Le nouveau protocole peut également éliminer les contraintes de temps et de processus, en rendant l'étape de lyse plus conviviale et mieux optimisée pour les cycles avec différents types d'échantillons, ce qui permet aux utilisateurs de traiter jusqu'à six échantillons simultanément.

Ces améliorations de la chimie peuvent finalement se traduire par une augmentation du débit d'ADN pour plus de données générées par cycle d'échantillonnage. En outre, un dérivé du kit SP-G2 prend en charge l'isolement automatisé de l'ADN UHMW Long String Vantage de Hamilton. Le kit DLS-G2 de Bionano permet de réaliser le marquage en cinq heures seulement pour un chargement le jour même de l'ADN marqué sur l'instrument Saphyr.

Cette chimie améliorée peut permettre une réduction globale du délai d'exécution (ou du délai entre l'échantillon et la réponse) et rendre possible l'obtention de réponses très approfondies pour les échantillons de cancer en trois jours seulement. Bionano a augmenté la stabilité des réactifs de neuf mois à un an pour le kit DLS-G2, afin d'être cohérent avec le kit SP-G2, ce qui peut entraîner un moindre gaspillage de réactifs et une plus grande utilité sur une plus longue période. La puce Saphyr G3.3, une nouvelle version du logiciel de contrôle de l'instrument (ICS v5.3) et une nouvelle version de Bionano Access (v.1.7.2), permettent d'améliorer le débit et les taux de réussite lorsque deux puces Saphyr sont chargées en parallèle, ce qui permet de traiter trois à six échantillons supplémentaires par semaine de travail.

Ces améliorations de débit résultent d'une réduction de l'évaporation des échantillons et renforcent la fiabilité du chargement des échantillons et des performances sur l'instrument Saphyr. Un débit plus élevé se traduit également par de meilleurs rendements de premier passage et peut éliminer le risque d'épuisement des échantillons lorsque l'on travaille avec des échantillons complexes, à temps de balayage plus long, comme ceux de la recherche sur le cancer ou du biotraitement des cellules. La prise en charge d'ICS v5.3 pour la puce Saphyr G3.3 améliore la cohérence du débit d'une série à l'autre ainsi que la robustesse de l'alignement.