Oxford Nanopore, en collaboration avec Quadram Institute Bioscience (QIB), a annoncé avoir développé un nouveau flux de travail rapide démontré dans une étude de phase I pour identifier la TB-RD qui, une fois validé, pourrait aider les cliniciens à s'attaquer à la maladie à l'échelle mondiale dans le futur. La résistance aux médicaments est un obstacle majeur aux efforts mondiaux visant à réduire l'incidence de la tuberculose, qui était le deuxième tueur infectieux après COVID-191 en 2020. Le manque de tests rapides, précis et riches en informations pour la TB-RD exacerbe sa propagation ; les principales organisations de soins de santé et les organisations non gouvernementales (ONG) ont identifié les tests de résistance aux médicaments basés sur le séquençage comme une priorité. En 2019, le programme Seq&Treat a été lancé pour étudier l'amélioration de la détection de la TB-RD en introduisant et en accélérant l'adoption du séquençage dans les milieux cliniques. Oxford Nanopore, en collaboration avec QIB, a achevé avec succès la phase I d'une étude de séquençage de nouvelle génération (NGS) ciblée sur la TB-RD dans le cadre du programme Seq&Treat, financé par Unitaid et dirigé par la Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND). Il s'agissait de développer un flux de travail de séquençage rapide de bout en bout pour identifier les mutations associées à la résistance aux médicaments à travers le génome de la tuberculose, directement à partir d'échantillons cliniques dans le cadre d'une étude de recherche. La solution de séquençage ciblé nanopore a réussi l'évaluation analytique de phase I en atteignant ou en dépassant les principaux objectifs de performance de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), notamment la sensibilité génotypique (>98%), la spécificité génotypique (>98%), les taux d'échec à la limite de détection ( < 1000 cellules) (0%), le délai d'exécution (objectif < 24 heures, atteint en 8 heures) et la capacité à détecter la résistance mixte (=10% de détection de l'hétérorésistance). Oxford Nanopore est maintenant passé à la phase II où la performance de la solution sera évaluée dans une étude clinique prospective en Inde, en Afrique du Sud et en Géorgie à partir d'avril 2022. Le succès de cette phase et de la phase finale devrait permettre de confirmer que la solution de séquençage d'Oxford Nanopore répond aux critères de performance diagnostique décrits dans le profil de produit cible NGS (TPP) établi par FIND/OMS pour le diagnostic clinique de la tuberculose résistante aux médicaments. La solution de séquençage Oxford Nanopore est disponible uniquement en tant qu'outil de recherche en sciences de la vie. La tuberculose reste l'une des maladies les plus mortelles au monde, avec environ 10 millions de nouveaux cas signalés en 2020, 1,5 million de décès et trois millions de patients non diagnostiqués. La tuberculose multirésistante (MDR-TB) et la tuberculose ultrarésistante (XDR-TB) constituent une menace majeure pour la lutte contre la tuberculose, car elles représentent environ 10 % des cas diagnostiqués et le traitement des patients affectés est 50 à 200 fois plus coûteux que celui des patients atteints de tuberculose sensible aux médicaments. Seule une personne sur trois environ atteinte de TB-RD a accédé à un traitement en 2020, laissant la majorité des patients atteints de TB-RD sans accès à des soins appropriés. Une détection rapide et complète de la résistance, directement à partir d'échantillons de patients (expectorations ou crachats décontaminés), est nécessaire pour initier une thérapie appropriée pour la TB-RD. Le séquençage ciblé par nanopore peut fournir des données plus rapides et plus complètes qui pourraient être utilisées par les cliniciens pour identifier la résistance aux médicaments mieux que les méthodes de culture et moléculaires actuelles. Ce n'est pas la première fois que la technologie nanopore est utilisée dans la recherche pour montrer le potentiel de la lutte contre la TB-RD. Dans une étude de 2018, une équipe de recherche a examiné la possibilité d'un séquençage nanopore du génome entier de la tuberculose au point de service dans les zones rurales de Madagascar en utilisant le dispositif portable MinION. Cela a impliqué un renforcement des capacités en formant 20 scientifiques locaux à l'utilisation de la technologie nanopore pour le séquençage de l'ADN de la TB-RD. La portabilité, la polyvalence et les faibles coûts d'investissement du MinION en ont fait un outil idéal pour le séquençage ciblé de nouvelle génération pour la surveillance de la tuberculose DR-TB et a le potentiel pour devenir une solution de test de sensibilité aux médicaments (DST). L'équipe a conclu que la recherche a démontré qu'il s'agit d'une solution DST prometteuse et a trouvé qu'elle fournissait des données rapides et cliniquement pertinentes pour aider à gérer la TB-RD complexe.