Pacific Biosciences Of California : La mise à jour logicielle de Pacific Biosciences améliore l’assemblage génomique de novo, la recherche de variants et l’analyse de transcrit ADNc

MENLO PARK, Californie, 30 janvier 2013 (GLOBE NEWSWIRE) -- Pacific Biosciences of California, Inc. (Nasdaq:PACB) fournisseur de l'analyseur génétique haute résolution PacBio(R) RS, a annoncé aujourd'hui le lancement d'une nouvelle mise à niveau de logiciel permettant d'obtenir des assemblages de génomes de haute qualité avec, parmi d'autres fonctionnalités clés, une précision de base quasiment parfaite. La mise à niveau élargit le nombre d'applications possibles de la méthode inédite de séquençage ADN de molécule unique en temps réel (SMRT(R)) mise au point par la société. Cette mise à niveau sera disponible à partir du 31 janvier par l'intermédiaire de téléchargements.

SMRT Analysis 1.4 comprend un nouveau processus hiérarchique d'assemblage génomique de novo (HGAP) qui permet aux chercheurs d'assembler des génomes microbiens et fongiques complets en utilisant uniquement les longues lectures de PacBio. Les utilisateurs peuvent par conséquent produire de meilleurs assemblages grâce à une préparation reposant sur une seule bibliothèque et un nombre moins élevé de cellules SMRT(R), comparé aux approches précédentes pour lesquelles des technologies de séquençage en lecture courte ou un séquençage consensuel circulaire étaient également nécessaires.

SMRT Analysis 1.4 incorpore également Quiver, un nouvel algorithme consensuel à lectures multiples. Il sert à déterminer la séquence finale du génome avec une précision exceptionnelle. La précision consensuelle de Quiver peut être supérieure à 99,999 %, à la fois pour le reséquençage et les applications d'assemblage de novo.

« Grâce à ces dernières améliorations logicielles, le PacBio RS produit des séquences de lecture extra-longues et des assemblages de novo très précis qui améliorent énormément notre capacité à découvrir et à comprendre de façon économique les nouveaux génomes », déclare J. Craig Venter, Ph.D., fondateur, président du conseil d'administration et PDG du The J. Craig Venter Institute et PDG de Synthetic Genomics.

La mise à niveau de logiciel inclut également une prise en charge complète de l'analyse pleine longueur des transcrits ADNc, afin de faciliter la compréhension de la transcription, de la structure du gène et de l'épissage alternatif. À la différence des autres technologies de séquençage, le séquençage SMRT peut prendre en charge la totalité des transcrits ADNc par l'intermédiaire d'une lecture unique afin de révéler la structure exonique complète des transcrits.

Les autres nouvelles fonctionnalités de la mise à niveau SMRT Analysis 1.4 incluent :

-- Prise en charge de l'analyse des échantillons codes à barre ;
 

-- Améliorations des outils d'analyse et de visualisation des méthylomes bactériens, qui constituent une capacité unique de la technologie de séquençage SMRT ;
 

-- Autorisations améliorées pour les utilisateurs et les groupes afin d'aider les centres de séquençage et les laboratoires principaux à déterminer quels types de données sont soumis aux utilisateurs finaux.

« Nous sommes déterminés à améliorer en permanence la performance de PacBio RS, notamment à travers des améliorations logicielles conçues pour tirer parti des caractéristiques uniques de notre système », déclare Kevin Corcoran, premier vice-président, responsable du développement commercial de Pacific Biosciences. « Grâce aux longues lectures de séquençage, une précision inégalée et des assemblages de haute qualité, les professionnels de la génomique peuvent bénéficier de génomes véritablement finis, à travers le séquençage SMRT. »
 

La nouvelle mise à niveau du logiciel d'analyse SMRT peut être téléchargée à partir du site de la communauté de Pacific Biosciences, ainsi que des échantillons de données et des protocoles pour la préparation et le codage en barres des échantillons ADNc. Pour accéder au logiciel, aux données et à la documentation, veuillez consulter www.smrtcommunity.com.
 

Pour plus de renseignements sur le nouveau logiciel d'analyse SMRT et l'analyseur génétique haute résolution PacBio RS, veuillez consulter www.pacificbiosciences.com.
 

À propos de Pacific Biosciences
 

Pacific Biosciences of California, Inc. (Nasdaq:PACB) offre l'analyseur génétique haute résolution PacBio(R) RS pour aider les scientifiques à résoudre les problèmes génétiquement complexes. Fondé sur sa nouvelle technologie de molécule unique en temps réel (SMRT(R)), les produits de l'entreprise permettent : un séquençage ciblé pour caractériser de manière plus complète les variations génétiques ; l'assemblage de novo de génomes pour mieux identifier, annoter et déchiffrer les structures génomiques ; et l'identification de modification de base de l'ADN afin d'aider à caractériser la réglementation épigénétique et les dommages de l'ADN. En fournissant l'accès à des informations génétiques précédemment inaccessibles, Pacific Biosciences permet aux scientifiques d'accroître leur compréhension des systèmes biologiques.

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