L'indice Nikkei a reculé de 1,05% (90,46 points) à 8.542,73 points tandis que l'indice Topix, plus large, a perdu 0,57% à 719,49 points.

Les sociétés exposées à l'Europe ont été délaissées, Canon chutant de 3,52% et Mazda de 3,85%.

A l'inverse, le secteur de l'électricité et du gaz a bondi après que le Premier ministre Yoshihiko Noda a déclaré mercredi qu'il était nécessaire de relancer certains réacteurs nucléaires pour éviter une crise énergétique cet été.

Chubu Electric Power Co Inc a pris 6,39% tandis que Kansai Electric Power Co Inc et Hokkaido Electric Power Co Inc ont gagné plus de 3%.

Le Nikkei a perdu 10,3% sur le mois de mai, sa plus forte baisse mensuelle en deux ans. En mai 2010, l'indice avait reculé de 11,7%.

La Bourse de Tokyo a souffert, comme l'ensemble des marchés d'actions, des craintes sur la situation financière de l'Espagne et de son impact sur la zone euro, ainsi que des inquiétudes sur un ralentissement économique en Chine et une reprise difficile aux Etats-Unis.

"Dans le pire des scénarios, les incertitudes autour de l'avenir de la zone euro pourraient entraîner une nouvelle panique financière et faire chuter le Nikkei sous les 7.500 points", a indiqué Kenichi Hirano, chez Tachibana Securities.

"Cela ramènerait le ratio cours/bénéfice (PE) de l'indice de 11 actuellement à environ 9,5, soit son niveau d'après la faillite de Lehman Brothers", a-t-il ajouté.

Sophie Night et Dominic Lau, Blandine Hénault pour le service français