Bruker Corporation a annoncé des progrès en immunopeptidomique, en glycoprotéomique et dans d'autres flux de travail de protéomique 4D basés sur le CCS. Les progrès rapides dans les solutions de recherche en protéomique, glycomique et peptidomique approfondies et à grande échelle complètent d'autres outils de pointe de Bruker dans le domaine des sciences de la vie pour l'ère post-génomique. Ensemble, ils permettent la recherche en biologie moléculaire et cellulaire post-génomique, avec des informations clés sur la biologie des maladies et les biomarqueurs pour les diagnostics moléculaires de nouvelle génération et la découverte de médicaments.

Les avancées présentées à l'US HUPO comprennent un séquençage de novo amélioré avec apprentissage automatique (Novor V2.0), un nouveau logiciel de surveillance haute performance digital-twin (TwinScape), la nouvelle méthode glyco-PASEF pour l'analyse des glycopeptides à haute sensibilité, et l'accès à Spectronaut 18 pour les utilisateurs de BrukerProteoScape, un logiciel alimenté par le GPU pour la protéomique 4D en temps réel, avec désormais un accès aux recherches sans bibliothèque par Biognosys directDIA. A. Faire progresser la recherche sur l'immunothérapie du cancer : Bruker améliore ses systèmes timsTOF HT et timsTOF Ultra avec le nouveau logiciel Novor v2.0 pour le profilage immunopeptidomique de novo. Novor v2.0, développé en collaboration avec Rapid Novor Inc. a été entraîné sur plus de 1 400 000 spectres correspondant à plus de 150 000 peptides HLA pour la recherche sur de petites quantités de matériel provenant de biopsies à l'aiguille fine.

B. Performances maximales du timsTOF à l'aide de TwinScape : TwinScape est un nouveau moteur de surveillance des performances et de contrôle de la qualité, basé sur les normes peptidiques iRT, qui permet d'obtenir des performances maximales durables dans la préparation des échantillons et la LC-MS. Pour les études multiomiques synergiques de l'ère post-génomique, il est nécessaire de combiner la profondeur de la couverture, la robustesse et la quantification évolutive. TwinScape permet des études contrôlées de plus grande envergure et une comparabilité valable entre laboratoires. C. Nouveau glyco-PASEF pour l'analyse 4D des glycopeptides à très haute sensibilité : Bruker présente la nouvelle méthode timsTOF glyco-PASEF avec filtrage polygonal développée avec le groupe Heck de l'université d'Utrecht, le logiciel GlycoScape développé en collaboration avec le groupe Van Gool de l'université de Radboud, et le logiciel MSFragger-Glyco développé par le groupe Nesvizhskii de l'université du Michigan.

D. Avancées logicielles pour dia-PASEF : La dernière version de Bruker ProteoScape met à disposition un module Spectronaut 18 pour l'analyse dia-PASEF, permettant d'obtenir des résultats en temps réel à l'aide de l'informatique GPU, y compris directDIA pour les recherches sans bibliothèque. Bruker ProteoScape met également à jour le logiciel TIMS DIA-NN avec la version 3.0 qui améliore la précision de la quantification.