En cas de non-respect des règles de fonctionnement du PEA ou du PEA-PME, la sanction est immédiate : clôture du plan et imposition du gain net, aux prélèvements sociaux et/ou à l'impôt sur le revenu selon la date à laquelle le manquement intervient. Il en va ainsi notamment en cas d'investissement dans des titres non éligibles ou de maintien de titres devenus inéligibles, de dépassement du plafond de versements ou de détention de plus d'un plan par une même personne (tous les plans sont alors fermés).
A noter que le dépassement du plafond de versements entraîne une sanction supplémentaire : le titulaire du plan doit en effet s'acquitter d'une amende fiscale égale à 2% du montant des versements surnuméraires.