Ian Narev, 50 ans, quittera les fonctions qu'il occupait depuis presque sept ans à la fin de l'exercice fiscal en cours.
Sous sa houlette, le groupe aura enregistré des bénéfices record mais aura également dû faire face à deux autres scandales.
La présidente de CBA, Catherine Livingstone, a indiqué que le départ de Ian Narev n'avait rien à voir avec le dernier scandale en date.
Un organisme de renseignement financier reproche à la banque d'avoir laissé des criminels blanchir des millions de dollars, une accusation qui pourrait lui valoir la plus forte amende infligée à ce jour à une entreprise australienne.
Ian Narev a évoqué une erreur de codage informatique et entend bien se défendre devant les tribunaux.
"Cette annonce n'a pas été précipitée", a déclaré Catherine Livingstone à des journalistes, en référence à cette affaire, la troisième de l'ère Narev.
L'action de la banque a clôturé lundi en hausse de 0,8% à la Bourse de Sydney.
Depuis que l'AUSTRAC, l'agence australienne du renseignement financier, a porté plainte le 3 août, le titre a perdu 3,7% et la capitalisation boursière de la banque a fondu de près de 5 milliards de dollars australiens (3,34 milliards d'euros).
La publication d'une hausse de 4,6% du bénéfice annuel, à 9,88 milliards de dollars australiens, une performance supérieure aux attentes, n'a pas suffi à rassurer les investisseurs.
CBA risque de devoir embaucher à l'extérieur le successeur de Ian Narev, si la banque veut y parvenir, a estimé Stuart Palmer, du fonds Australian Ethical Investment.
(Paulina Duran et Byron Kaye; Catherine Mallebay-Vacqueur pour le service français, édité par Wilfrid Exbrayat)
