L'indice Nikkei a perdu 0,25 % pour clôturer à 33 338,70, mais a récupéré la plupart de ses baisses de 1 % plus tôt dans la session.
L'indice plus large Topix a terminé presque stable, en baisse de 0,01% à 2 306,03.
"Les investisseurs ont essayé de bloquer leurs profits après une forte hausse", a déclaré Ikuo Mitsui, gestionnaire de fonds chez Aizawa Securities.
"Récemment, le Nikkei a eu tendance à réduire les pertes parce qu'il y a encore beaucoup d'investisseurs qui veulent augmenter leurs positions dans les actions japonaises et ils achètent des actions sur les creux, ce qui réduit certaines pertes ou même aide l'indice à inverser sa trajectoire."
Fast Retailing a chuté de 2,54%, le plus grand frein pour le Nikkei, après avoir rapporté une baisse de 3,4% des ventes des magasins comparables pour le mois de juin.
Le fabricant de lentilles de contact Hoya a perdu 2,86 % et est devenu le plus grand perdant du Nikkei.
Le fabricant d'équipements de fabrication de puces Tokyo Electron a perdu 0,35 % et le fabricant d'équipements médicaux Terumo a perdu 1,61 %.
Daiichi Sankyo a fait un bond de 6,82 % pour devenir le plus grand gagnant du Nikkei après avoir chuté de près de 15 % au cours de la séance précédente.
Le secteur pharmaceutique a progressé de 1,78 %, Sumitomo Pharma ayant fait un bond de 3,5 %.
La société de transport maritime Kawasaki Kisen Kaisha a fait un bond de 5,58 % et a fait grimper le secteur du transport maritime de 3,42 %, ce qui en fait la meilleure performance parmi les 33 sous-indices industriels de la Bourse de Tokyo.
Parmi les composantes du Nikkei, 110 titres ont progressé, 113 ont reculé et deux sont restés stables (rapport de Junko Fujita ; rédaction de Savio D'Souza et Nivedita Bhattacharjee).