Les chercheurs ont maintenant découvert le génome de l'espèce Arabica et ont retracé ses origines jusqu'à un accouplement naturel entre deux autres espèces de café, il y a environ 610 000 à un million d'années, dans les forêts d'Éthiopie. Cette espèce est donc plus ancienne que notre propre espèce, l'Homo sapiens, qui est apparue en Afrique il y a environ 300 000 ans.

Les chercheurs ont séquencé les génomes de 39 variétés d'Arabica, dont un spécimen datant du 18e siècle, afin de créer le génome de la plus haute qualité à ce jour de cette espèce, dont le nom scientifique est Coffea arabica. Ils ont également découvert une région spécifique du génome qui pourrait être cruciale pour la sélection ou l'ingénierie génétique de la résistance aux maladies.

"L'arabica est l'une des principales cultures de base au monde, représentant une grande partie des économies agricoles des pays dans lesquels elle est cultivée", a déclaré Victor Albert, biologiste de l'évolution des plantes à l'université de Buffalo, dans l'État de New York, l'un des responsables de l'étude publiée cette semaine dans la revue Nature Genetics.

"Il s'agit d'un élément important de la subsistance des petits producteurs locaux, qui ne sont pas seulement cultivés et exploités par de grandes entreprises. Le café est une riche source d'antioxydants et, bien sûr, de caféine, qui nous aide à rester éveillés, moi et le reste du monde", a ajouté Albert.

Les recherches ont montré que la population d'Arabica a augmenté et diminué au cours des millénaires, au fur et à mesure que le climat se réchauffait et se refroidissait. Le café a d'abord été cultivé en Éthiopie et au Yémen, avant de se répandre dans le monde entier.

"Le café et l'humanité sont étroitement liés à travers l'histoire. Dans de nombreux pays producteurs, le café Arabica représente plus qu'une culture, il fait partie de la culture et de la tradition", a déclaré Patrick Descombes, expert en génomique chez Nestlé Research et chargé de cours à l'École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), l'un des autres responsables de l'étude.

L'étude a révélé que l'arabica présentait une faible diversité génétique en raison d'un historique de consanguinité et d'une population de petite taille. L'espèce, sensible aux parasites et aux maladies, peut être cultivée dans un nombre limité d'endroits où les conditions climatiques sont favorables et où les menaces de maladies sont moindres.

Ces recherches "ouvrent la voie à de nouvelles approches de sélection du café, qui permettront à terme de développer de nouvelles variétés plus résistantes aux maladies et aux changements climatiques, ainsi que de nouvelles qualités de tasse (arôme)", a déclaré M. Descombes.

Le café est l'une des boissons les plus consommées au monde - on estime à 2,25 milliards le nombre de tasses consommées quotidiennement - et l'une des matières premières les plus échangées. L'arabica représente la majorité de la production mondiale de café.

Selon les chercheurs, l'arabica est né d'une hybridation naturelle entre deux espèces parentes : Coffea canephora et Coffea eugenioides. L'espèce canephora est appelée café Robusta et son génome a été séquencé en 2014.

Le Robusta est couramment utilisé dans le café instantané, tandis que l'Arabica est considéré comme ayant une saveur supérieure, généralement connue pour son goût plus doux et plus velouté. L'espèce Robusta est originaire des forêts de l'Afrique équatoriale.

"Le Robusta est également connu pour sa résistance aux principaux parasites et maladies du café, d'où son nom Robusta, qui signifie robuste", explique M. Descombes.

L'espèce eugenioides pousse à haute altitude au Kenya.

Le spécimen du XVIIIe siècle séquencé dans le cadre de l'étude provenait d'un échantillon stocké à Londres et utilisé par le naturaliste suédois Carl Linnaeus pour nommer l'espèce coffea.

"Nous avons pu séquencer son génome et nous avons constaté qu'il n'était pas particulièrement proche des variétés cultivées aujourd'hui", a déclaré M. Albert.