Bionano Genomics, Inc. annonce la publication dans la revue Cancers d'une étude réalisée par une équipe de chercheurs en cancérologie du NCI-Designated Cancer Center, du Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute et du Scripps MD Anderson à La Jolla, en Californie. La publication décrit ce qui pourrait être la première étude à utiliser la cartographie optique du génome (OGM) pour la découverte de variantes structurelles (SV) qui déterminent la résistance et la sensibilité aux médicaments dans le cancer. Conception de l'étude : Échantillons de patients. L'étude a analysé 26 échantillons de leucémie provenant de 23 sujets, dont 3 échantillons provenant de sujets en rechute.

Signatures de variation du génome. L'étude a comparé les signatures de variation du génome obtenues à partir des échantillons de leucémie par OGM et par des méthodes cytogénétiques classiques, notamment le caryotypage (KT) et l'hybridation fluorescente in situ (FISH). Bibliothèque de médicaments : l'étude a utilisé une large collection de 120 médicaments anticancéreux basés sur l'Oncology Drug Library (ODL, ODL2 et ODL3) et les médicaments de la collection oncologique approuvés par la FDA dans le cadre du Developmental Therapeutics Program du NCI, y compris certains agents expérimentaux et ceux qui sont en phase II/III d'essais.

Essai de résistance et de sensibilité aux médicaments. L'étude a utilisé un test de viabilité cellulaire et de dépistage des médicaments basé sur la culture de collections de cellules enrichies en leucémie en présence de différentes concentrations d'agents médicamenteux pour mesurer la viabilité cellulaire. Les cellules qui se sont bien développées en présence de médicaments ont été considérées comme résistantes et celles qui ne se sont pas développées ont été considérées comme sensibles.

Dans l'ensemble, l'étude montre que la combinaison de la MGO pour la détection des SV et des données de sensibilité aux médicaments pour les mêmes échantillons est une approche utile pour identifier les SV potentiellement pathogènes qui peuvent être des moteurs de la sensibilité ou de la résistance aux médicaments : La MGO a détecté tous les SV qui avaient été observés à l'aide de méthodes cytogénétiques classiques ainsi que de multiples variantes supplémentaires qui n'avaient pas été signalées auparavant, les échantillons de leucémie à translocation BCR-ABL1 sont sensibles à l'inhibiteur de tyrosine kinase Nilotinib, comme prévu, mais présentent une résistance aux inhibiteurs du protéasome, Des sensibilités aux médicaments associées à des réarrangements génomiques non signalés auparavant ont été révélées, les échantillons de leucémie avec des translocations KMT2A sont associés à des sensibilités aux perturbateurs de microtubules Paclitaxel et Cabazitaxel et à une résistance aux inhibiteurs de la famille Bcl-2, les associations de chimiosensibilité avec les SV détectées par OGM sont capables de révéler plusieurs nouvelles stratégies potentielles de traitement de la leucémie.