Medigene AG a présenté l'outil web Expitope 3.0 lors de la 20e réunion annuelle de l'Association pour l'immunothérapie du cancer (CIMT), qui se tiendra du 3 au 5 mai 2023 à Mayence, en Allemagne. L'outil web Expitope est le fruit d'une collaboration de longue date entre Medigene Immunotherapies GmbH et le professeur Mitrij Frishman de la faculté de bioinformatique et son équipe de recherche à l'université technique de Munich. Dans le cadre de cette collaboration, une expertise académique approfondie en bioinformatique sophistiquée est appliquée à l'évaluation in silico d'antigènes cibles potentiels pour les thérapies à base de récepteurs de cellules T (TCR-T) pour le traitement des cancers solides.

L'outil web, désormais couplé à l'intelligence artificielle, puise dans les vastes données en constante expansion sur le génome humain et le protéome de diverses tumeurs et de tissus sains. Cet outil web permet à Medigene d'utiliser des technologies in silico de pointe pour étudier efficacement des protéines sélectionnées et les épitopes peptidiques associés en tant que cibles appropriées pour une utilisation dans les thérapies TCR-T pour des indications cancéreuses sélectionnées. Le poster et la présentation orale intitulés "Expitope 3.0 - An Advanced in silico Web tool Empowered with Machine Learning for Enhanced pHLA Epitope Prediction and Safety Assessment" (Expitope 3.0 - Un outil Web avancé doté de l'apprentissage automatique pour améliorer la prédiction des épitopes pHLA et l'évaluation de la sécurité) présenteront la dernière version, accessible au public, d'Expitope 3.0, un outil Web plus rapide et entièrement révisé, qui sera lancé en mai/juin 2023, pour identifier les épitopes peptidiques HLA (pHLA) cibles dans les antigènes.

La comparaison de l'expression des épitopes pHLA dans divers tissus sains permet de prédire la réactivité croisée potentielle et la toxicité hors cible, minimisant ainsi les risques pour la sécurité. Les utilisateurs d'Expitope 3.0 peuvent identifier les épitopes pHLA qui pourraient être des cibles appropriées pour l'isolement du TCR et la prédiction des affinités de liaison pHLA, ainsi que les épitopes apparentés présentant jusqu'à 50 % de non-concordance pour l'évaluation de la sécurité, grâce à l'évaluation de leurs profils d'expression dans les tissus sains. Expitope 3. 0 s'accompagne d'une base de données actualisée, qui permet de rechercher des séquences uniques au niveau du peptidome/transcriptome, ce qui augmente le nombre d'épitopes examinés.

L'outil Web utilise l'apprentissage automatique pour améliorer la prédiction de la liaison de l'épitope pHLA. Une fonction améliorée de prédiction des épitopes permet de déterminer avec plus de précision le clivage protéasomal/immunoprotéasomal et la présentation des épitopes. En résumé, Expitope 3.0 permet une analyse plus rapide grâce à une recherche plus large dans les bases de données et à une plus grande précision dans la prédiction des épitopes pHLA dans les antigènes.

Ses caractéristiques et capacités améliorées en font un outil précieux pour les chercheurs et les cliniciens qui s'efforcent d'identifier des cibles potentielles pour les thérapies à base de cellules T tout en minimisant les risques de sécurité. Expitope 3.0 est désormais disponible grâce à la collaboration de l'entreprise avec le professeur Frishman et son équipe de recherche, afin de permettre à l'entreprise d'utiliser cet outil web plus rapide et entièrement révisé, qui comprend des informations considérablement élargies permettant à l'entreprise non seulement de rechercher des séquences uniques en tant que cibles potentielles pour les thérapies par cellules T, mais aussi de prédire les caractéristiques des interactions des peptides avec les molécules HLA et leurs profils de sécurité dans les tissus sains. L'utilisation de cet outil avancé permet de mieux comprendre le profil de sécurité nécessaire à la génération de thérapies TCR-T hautement différenciées qui peuvent répondre aux besoins non satisfaits des patients atteints de diverses tumeurs solides.